En la época de las grandes civilizaciones prehispánicas en nuestro país, los mexicas conquistaron tribus aledañas e iban más allá, haciendo más grande su imperio. Zinacantepec fue uno de los lugares conquistados. Durante la conquista, Gonzalo de Sandoval, soldado de confianza de Cortés, se unió con los otomies y conquistó Zinacantepec y pueblos circunvecinos.
La parte poniente del Valle de Toluca, con San Miguel Zinacantepec como cabecera, se le dio de encomienda a Juan de Sámano. cuya familia fue fundadora de la Hacienda de la Gavia, que en época del porfiriato llegó a tener una superficie de 67 mil hectáreas de terreno.
En octubre de 1810, un contingente de Zinacantepec se alistó para unirse al padre Hidalgo en el movimiento de libertad y tuvo una gloriosa participación en Guerra del Monte de las Cruces.
Se erigió como municipio en 1826. Fue nombrado Pueblo con Encanto el año 2015.